Braća se nakon oslobođenja Srijema nisu vraćala u Zemun zbog neposredne blizine Turaka. Tek kada je kršćanska vojska u tzv. Prvom turskom ratu (1716-1718) pobjedila kod Beograda i osvojila grad, a mirom u Požarevcu osigurala slobodu Beograda, dolaze braća iz Petrovaradina u Beograd. Najpre su Džamiju "Imareth" pretvorili u crkvu. ali su uskoro izgradili crkvu i samostan na jedan kat, 1728 niže današnjeg parka na Studenstkom trgu. Ostali su u Beogradu dok nije izbio Drugi turski rat (1736-1739) u kojem su Turci opet osvojili Beograd. To je, naravno, prisililo braću da bježe zajedno sa vjernicima prijeko Save u nedaleki Zemun, ali tek nakon što su im turci zapalili samostan (križ pod kojim su prešli u Zemun se i danas čuva u Zemunskom samostanu). U Zemun su prešli 3.12.1739. predvodeći poslijednju grupu katolika iz Beograda.
Crkva i samostan stradaju u požaru 2.08.1790.g. Na molbu franjevaca da im se dodijeli pomoć, gradonačelnik, kapetan Seribeli, je predložio da se preostale cigle upotrijebe za izgradnju župske crkve, a dva franjevca bi mogla pomagati u dušebrižništvu i stanovati u župnom stanu. To je i učinjeno, a ostali franjevci su napustili Zemun.
Franjevci se vraćaju u Zemun 1807.g. pod vođstvom gvardijana Simona Kranca i sa 8000 forinti koje im je izdejstvovao biskup u cilju gradnje samostana. Do tada pomagali su župniku u radu Samostan i crkvu su obnovili 1830.g. Poslijednje adaptacije na crkvi i samostanu su završene do 1883.g.
Za sam samostan vezana je povijest ne samo zemunskih, već i beogradskih katoličkih redova. On je jedini preostali samostan od mnogih koji su postojali u Zemunu, a i u Beogradu u prvoj polovini 18.st.
Višestruka je djelatnost franjevaca u Zemunu. Od dušobrižničkih dužnosti, lekarskih, a dugo vremena je u samostanu djelovala i škola. Danas je franjevački samostan i sjedište rimokatoličke župe Novi Beograd.
Samostan i crkva su spomenici kulture pod zaštitom države.
VELIKI KATEKIZAM KATOLIČKE CRKVE