Franc Perko rođen je 19. 11. 1929. na Krki, ljubljanska nadbiskupija, Slovenija. Završio je klasičnu gimnaziju u Ljubljani, nakon koje je 1949. ušao u ljubljansko semenište. To su bile godine koje su bile veoma teške za bogoslove, jer su bili pod stalnim nadzorom i šikaniranjem UDB-e.

29. 06. 1953. mons. Franc Perko bio je ordiniran za svećenika. Međutim, nakon toga nije mogao odmah da nastavi teološke studije, jer su ga pozvali na odsluženje vojnog roka. Vojsku je služio u Beogradu, gde je bio uhapšen i osuđen od Vojnog suda na pet godina robije navodno zbog neprijateljske propagande. Zatvorsku kaznu izdržavao je u Beogradu, Požarevcu (Zabeli), Ljubljani i Mariboru. Posle tri godine bio je uslovno otpušten, tako da se tada vratio za Ljubljanu i tamo nastavio teološke studije. 1958. godine imenovan je bio za duhovnog pomoćnika u župi Šenčur kod Kranja. 

Poznati stručnjak za život i djelo sv. Ćirila i Metodija pozvao ga je da dalje studira. Godine 1961. bio je imenovan za ekspozita na Skaručni kod Ljubljane. Tu je napravio magisterijum i 1963. doktorirao sa tezom "Filozofija i teologija sv. Ćirila i Metoda". Zatim je 1964. preuzeo  predavanja pok. prof. dr. Franca Grivca i počeo da na Teološkom fakultetu u Ljubljani predaje Nauku o Crkvi (Ekleziologiju) kao i Istočno bogoslovlje. Od 1965. do 1968. godine studirao je na Istočnom institutu u Rimu, gde je i dovršio magisterijum iz istorije i teologije istočnih Crkava. Zatim je, na ljubljanskom Teološkom fakultetu, predavao Ekleziologiju, Ekumensko bogoslovlje i Teološke osnove dijaloga. Pored toga je, neko vreme, zamenjivao profesora filozofije i istorije Crkve. Zatim je pet godina bio dekan Teološkog fakulteta.

Odmah od početka rada na fakultetu počeo je da uspostavlja veze sa Bogoslovskim fakultetom u Beogradu. Zahvaljujući njemu, postalo je uobičajeno da studenti iz Ljubljane, sa svojim profesorima, svake godine učestvuju u "slavi" Bogoslovskog fakulteta u Beogradu, a studenti iz Beograda da, takođe zajedno sa svojim profesorima, odlaze u Ljubljanu na praznik zaštitnika teoloških nauka, sv. Tome Akvinskog. Tako su se učvršćivale međusobne veze. Godine 1974. počeli i su Ekumenski simpozijumi, koje su, svake druge godine, naizmenično priređivali teološki fakulteti u Ljubljani i Zagrebu i bogoslovski fakultet u Beogradu. Prof. Perko je učestvovao u radu svih simpozijuma koji su se priređivali do 1990. godine.

Msgr. Perko je nekoliko godina bio član Teološke i Ekumenske komisije Biskupske konferencije Jugoslavije. Učestvovao je u raznim međunarodnim simpozijumima i od 1985-1990. godine bio član Međunarodne teološke komisije u Rimu. Pisao je rasprave o ekleziološkim i ekumenskim pitanjima.

16. decembra 1986. imenovan je za beogradskog nadbiskupa i prvog beogradskog metropolitu. Naime, tog dana uoči njegovog proglašenja, bila je ustanovljena i Beogradska metropolija koja, pored Beogradske nadbiskupije obuhvata i Subotičku i Zrenjaninsku biskupiju. Biskupsko posvećenje podelio mu je papa Ivan Pavao II. 6. 1. 1987., na praznik Bogojavljenja. Kao biskup, bio je član Međunarodne mešovite katoličko-pravoslavne teološke komisije od 1990. do 1999. Monsinjor Perko bio je takođe i predsednik Biskupske Konferencije Jugoslavije.

Zbog zdravstvenog stanja, nekoliko puta je Svetoj Stolici uputio molbu za povlačenje iz službe. Sveti Otac mu je prošle godine, poslao, kao pomoćnika, msgr. Stanislava Hočevara, koji je 25. marta iste godine bio imenovan za beogradskog nadbiskupa koadjutora, što znači nadbiskupa pomoćnika sa pravom nasleđa. U podne, 31. marta ove godine, Sveti Otac je konačno prihvatio molbu msgr. Franca Perka i time ga razrešio dužnosti beogradskog nadbiskupa i metropolite.